Ципрофлоксациныг бэлдмэлд мэдрэг нянгаар үүсгэгдсэн дараах халдвар үрэвсэлт өвчний эмчилгээнд хэрэглэнэ. амьсгалын замын халдвар; чих, хамар, хоолойн халдвар; бөөр ба шээс ялгаруулах замын халдвар; бэлгийн замын халдвар (заг хүйтэн, простатит), эмэгтэйчүүдийн (аднексит) ба төрсний дараах халдвар; хоол боловсруулах замын халдвар (түүнчлэн шүд, эрүү, амны хөндийн), цөсний хүүдий, цөсний замын халдвар; арьс ба салст бүрхүүл, зөөлөн эдийн халдвар; хөдөлгөөн-тулгуур эрхтэний тогтолцооны халдвар. Түүнчлэн ципрофлоксациныг үжил, перитонитийн эмчилгээнд хэрэглэхээс гадна дархлалын дутмагшилтай өвчтөнд (дархлал дарангуйлах эмчилгээний үед) халдвараас сэргийлэх эмчлэх зорилгоор хэрэглэнэ.