Омепразол капсулыг дээд гэдэсний ба ходоодны шархлааны богино хугацааны эмчилгээнд хэрэглэдэг. Ходоод-улаан хоолойн сөргөө өвчин, шархлаат эзофагит, стероид бус үрэвслийн эсрэг нөлөөт эмээр үүсгэгдсэн шархлаа ба Золлингер-Эллисоний өвчний эмчилгээнд хэрэглэнэ.